Quando o iPhone foi lançado (e o Android nem existia), só havia web apps, que rodavam no navegador mesmo.
As apps nativas feitas por terceiros, e a app store, vieram só em modelos e atualizações posteriores.
App rodando nativamente tem seu valor e interesse, mas mesmo hoje muitas delas são web apps mal disfarçadas.
Prevejo que no futuro teremos o retorno de uma presença maior de web apps multiplataforma rodando em navegadores móveis, desktop, TVs e outros formatos.